Pues la película empieza con Naruto trabajando en el despacho del hokage y mandando a sus clones a hacer recados de todo tipo (inauguraciones, entrevistas, ayudar ancianos). Su hijo, Boruto, está cabreadísimo con él porque no pasa tiempo con su familia y aprovecha que su equipo tiene que ir a hablar con él para recordarle que al día siguiente es el cumpleaños de Himawari.
Naruto promete asistir al cumpleaños y parece que cumple su promesa, hasta que en mitad del "cumpleaños feliz" tira la tarta de Himawari al suelo y desaparece (era un clon, no el auténtico). Boruto está furioso con su padre y pese a que su madre intenta explicarle que es un hombre muy ocupado, Boruto se disloca y empieza a tirar las cosas de su padre por la ventana.
Una de estas cosas es la chaqueta de Naruto (parte 1), la cual cae sobre la cabeza de Sasuke, quien regresaba a la villa en ese momento. Sasuke le devuelve la chaqueta a Hinata sin percatarse de que Boruto lo mira con admiración. Está decidido a que sea su maestro.
Sasuke va después a hablar con Naruto y le advierte de la muerte de Killer B a manos de dos ninjas misteriosos, a quienes identifica como aquellos que Kaguya temía y la razón por la que quería un ejército. Naruto le pide que mantenga esto en secreto ya que queda poco para los exámenes chuunin.
Boruto intenta que Sasuke le entrene, pero éste no parece muy convencido ya que cree que su rasengan es muy pequeño y débil (lo que no sabe es que Boruto es capaz de lanzar sus mini-rasengans), por lo que Boruto se obsesiona con lo débil que es su flujo de chakra y pide ayuda a un reconocido ingeniero de la villa. Éste ha inventado un dispositivo de muñeca que te permite usar cualquier tipo de ninjutsu elemental y potenciar los propios, aunque no tengas ni idea de hacer sellos o manipular chakra.
Boruto sabe que su padre ha prohibido estos dispositivos por ser un insulto al ninjutsu pero él lo compra igualmente.
La primera prueba del examen chuunin es escrito y Sai es el encargado de dirigirlo (esta prueba practicamente se la saltan, así que no hay mucho más que aportar)
Luego está la segunda, de la cual está a cargo la propia jefa de administración, TenTen. Ella ha pensado en un juego de "consigue la bandera" en el que los tres miembros de cada equipo deben ayudarse mutuamente para hacerse con una bandera roja (las cuales son limitadas). El equipo de Metal Lee es eliminado porque los otros dos miembros son unos paquetes y el Ino-Shika-Cho consigue enseguida su objetivo... sin embargo Boruto tiene problemas para trabajar en equipo y termina utilizando el dispositivo prohibido en dos ocasiones. Pese a que consiguen la bandera, TenTen envía un informe sobre la actuación de Boruto, ya que hay algo que no le cuadra con respecto a sus habilidades.
En la tercera prueba Boruto tiene dos combates, uno contra un chaval de la villa de las nubes a quien vence con un rasengan gigante (potenciado por el dispositivo), el otro es en la final contra Shikadai. Boruto usa de nuevo el dispositivo para hacer una cantidad absurda de clones de sí mismo y Shikadai se rinde sin luchar, visto el panorama.
Naruto, quién ya estaba mosqueado por el informe de TenTen, ve raro que su hijo sea capaz de usar dos técnicas tan avanzadas y que requieran tanto chakra de un combate para otro, así que le pide a Hinata que use el byakugan y le diga como están funcionando sus canales de chakra. Hinata le hace caso y comprueba que el cuerpo de su hijo está en completo reposo, como si no estuviese haciendo absolutamente nada.
Antes de que Lee (juez de la tercera prueba) nombre a Boruto chuunin, Naruto baja a la arena y delante de todos los asistentes y las cámaras de televisión, le pide a su hijo que se desmangue. Cuando éste se niega le coge el brazo con rabia y el dispositivo queda a la vista del mundo entero.
Naruto se siente tan decepcionado, que no solo nombra chuunin a Shikadai, sino que delante de todos le quita la bandana de shinobi a Boruto y dictamina que ya no es un ninja.
Boruto sale corriendo del estadio, sintiéndose humillado, por lo que no está presente cuando se produce una explosión en la arena y los dos villanos de los que Sasuke había hablado aparecen para secuestrar a Naruto.
La villa entra en pánico y Sasuke decide usar su rinnengan para buscar a Naruto junto a los kages. Sarada convence a Boruto para que se una a ella en la búsqueda y, todos juntos, van a buscar a Naruto en otra dimensión.
El plan de los dos villanos es reunir todo el chakra del mundo en una fruta de nuevo y comérsela, y para ello primero necesitan robar los bijuus. El equipo de rescate llega antes de que se hagan con Kurama y empieza una batalla frenética.
En un momento dado Boruto corre peligro y Naruto recibe un ataque por él, ahí es cuando Boruto entiende cuantísimo le quiere su padre y empieza a hacer caso a las indicaciones que le dan Naruto y Sasuke, los cuales se están debilitando poco a poco.
El ataque final lo hace Boruto, cuando su padre y Sasuke le confian su chakra restante para que él lance una especie de rasengan eléctrico gigante (el cual le destroza el brazo... a partir de ahí va con vendas)
Los buenos ganan, los malos pierden y todos vuelven a Konoha a celebrarlo. En los créditos se ven a todas las familias juntas y, al final, vemos de nuevo al equipo de Boruto... el tema de conversación es Orochimaru, ya que no tienen claro si es el padre o la madre de Mitsuki. Por último, Orochimaru aparece observándolos desde lo alto de un edificio.
FIN