Hola buenas,
Necesito elegir tema para mi Trabajo de Fin de Grado y una de las opciones sería la detección de elementos genéticos móviles o integrones en la enterobacteria A.baumannii. Alguien conoce cuál es el procedimiento para su detección??
Gracias por la ayuda!!
Bufff, vas a necesitar alguien experto en genoma de bacterias. De todas formas yo he asistido a algunas charlas sobre variabilidad genética en bacterias en general, no centrada exclusivamente en integrones, y ahora casi todo el mundo está secuenciando el genoma entero directamente, olvidándose de otros métodos.
El genoma de Acinetobacter baumannii es de escasamente 4millones de nucleótidos, por lo que resulta relativamente económico secuenciarlo y estudiar la totalidad de su genoma, detectando presencia o actividad de elementos móviles, nuevos genes adquiridos, etc.
Búscate algún review: https://www.researchgate.net/publication/5838773_An_increasing_threat_in_hospitals_Multidrug-resistant_Acinetobacter_baumanii
Si quieres el pdf te lo puedo pasar.
Si buscas integrones especificos del que ya conoces la secuencia se pueden usar sondas fluorescentes no?
Se me escapa la genetica bacteriana, es una idea, aunque si el genoma es tan simple alomejor te renta mas secuenciarlo entero como dice ulmo.
Si quieres saber lo jodido que son las neumonias por acinetobacter en un hospital, en eso si te puedo ayudar y Shayhund muchisimo mas hahaha.
#4 Sí, si conoces la secuencia y lo que quieres es diferenciar colonias bacterianas que posean el integrón de las que no, lo más rápido es con marcadores por fluorescencia. Por eso debería especificar un poco más de que trata su proyecto:
¿Detectar integrones ya conocidos en cepas? Esto puede ser interesante de cara a la clínica y ciertas resistencias a antibióticos, en cuyo caso bueno/bonito/barato serían sondas de hibridación.
¿Detectar nuevos integrones? Si te centras en grupos con alguna particularidad en común (misma secuencia flanqueante por ejemplo), o directamente nuevas secuencias presentes en la bacteria. Para lo primero una amplificación + secuenciación es lo más barato usando las secuencias concidas como primers, para lo segundo sí o sí secuenciación completa.
¿Detectar lugares de integración de integrones ya conocidos? Secuenciación completa o amplificación con 1 solo primer.
