Estudiamos gramática y ortografía?
Vamos a ver... el archivo AUTOEXEC.CFG se carga SOLO antes de conectarte a un server y despues se ejecuta SOLO config.cfg. Esos dos archivos lo ejecuta el juego AUTOMÁTICAMENTE.
Si tienes los alias en autoexec.cfg y los controles en config.cfg pues me parece estupendo ya que te lo carga solo.
La cuestión es si tienes o no algún bind en el archivo autoexec.cfg. En caso afirmativo, borralo de autoexec.cfg y ponlo en config.cfg.
Que tienes varios archivos config.cfg, imposible, puesto que windows no te deja tener 2 archivos con el mismo nombre y extension.