problema

Yo no la tengo protegido contra escritura pero hay cosas que la config.cfg no soporta y las borra, lo mejor es que te hagas una a tu medida, que no cuesta nada entrar en el juego y poner:

exec NombredelaCFG.cfg

O incluso, si usas los mismos controles en la config.cfg que en la tuya misma, pon los alias en autoexec.cfg, asi ya ni la cargas

Sí que se explica en el FAQ:

P: Relación config.cfg - userconfig.cfg - autoexec.cfg

R: En esta nueva versión tenemos una añadido en cuanto a los ficheros de configuración. En la v1.5 muchos usuarios tenían toda su config (bindeos y alias) en el archivo config.cfg, y en ocasiones era tan extenso que daba problemas. Ahora config.cfg añade la línea "exec userconfig.cfg" que no se puede ni quitar, ni cambiar el nombre (podreis comprobarlo si lo haceis, jugais, y al volver a verlo estará de nuevo como antes). La intención de esto es por un lado usar ese archivo como fichero de configuración personal (quedando tu CFG independiente del config.cfg que se edita siempre por el hl) y por otro dejar en config.cfg los binds y variables, y en userconfig.cfg los alias. A gusto del consumidor.

En cualquier caso intentaré explicártelo algo mejor. Como bien has dicho antes protegías contra escritura el config.cfg y no se realizaban cambios sobre él. Ahora sí. Es por esto que se ha añadido la llamada automática al userconfig.cfg. Se trata de un fichero adicional (que tienes que crear) al que se llama automáticamente. Cómpáralo con el config.cfg antiguo si quieres. Las modificaciones no le afectarán y se llamará de forma automática como se hacía antes con el config.cfg.

Saludos.