Debutó en el primer equipo el 18 de agosto de 1998, de la mano del entrenador Louis Van Gaal, y con motivo de partido de la Supercopa de España ante el Real Mallorca. En el partido de su debut fue titular y marcó un gol. En la temporada 1998-1999 fue alternando sus actuaciones con el Barcelona B y con el primer equipo. Debutó en la Primera División de España el 3 de octubre de 1998 en el partido Valencia CF 1 - 3 FC Barcelona. Pese a sus intermitentes intervenciones con los mayores, fue decisivo para que el FC Barcelona se proclamase campeón de la Liga española de fútbol, al marcar un gol en el campo del Valladolid que valió la victoria (0-1) y fue decisivo para la marcha del equipo: el FC Barcelona era décimo en la clasificación y, a partir de aquella victoria, inició la remontada con la que acabaría ganando la Liga. Esa liga fue, por tanto, su segundo título profesional, tras el Mundial sub'20 de 1999 con la Selección Española.
La temporada 1999-2000 fue la de su consolidación: una lesión de Josep Guardiola, que estuvo de baja varios meses, le abrió las puertas de la titularidad. Tras la marcha de Guardiola al fútbol italiano, Xavi se adueñó definitivamente de una plaza en el once titular azulgrana.
No fue hasta el 14 de mayo de 2005 cuando Xavi pudo saborear su tercer título: el FC Barcelona se proclamó campeón de la Liga española de fútbol: su segunda liga particular. Además en el verano de 2005 se proclamó campeón de la Supercopa de España, siendo el tercer capitán del equipo, título que repetiría un año después (20 de agosto de 2006) contra el RCD Espanyol marcando el primer gol de su equipo (3-0).
El 2 de diciembre de 2005 sufrió, en un entrenamiento, una rotura del ligamento cruzado anterior de su rodilla derecha. Estuvo apartado de los terrenos de juego durante 5 meses hasta el 29 de abril de 2006, cuando reapareció en el partido de liga que enfrentó al FC Barcelona y al Cádiz CF en el Camp Nou, con un triunfo de los azulgrana que les acercó a conseguir la liga 2005/06 una jornada después.
El 17 de mayo de 2006 se proclamó campeón de la Liga de Campeones de la UEFA en el Stade de France de Saint-Denis. El FC Barcelona se impuso al Arsenal FC inglés por 2 goles a 1, aunque Xavi no disputó ese partido por no haber recuperado la forma totalmente después de su grave lesión.
El 19 de septiembre de 2007, en el partido de Liga de Campeones contra el Olympique de Lyon, alcanzó a Migueli como jugador del Fútbol Club Barcelona que más partidos ha disputado en competición europea (85). El 2 de octubre de 2007 superó esa cifra jugando contra el VfB Stuttgart su partido número 86. El 1 de octubre de 2008 alcanzó la cifra de 100 partidos jugando contra el FC Shakhtar Donetsk.[4]
Xavi acumuló con el Fútbol Club Barcelona un total de 400 partidos oficiales el 24 de noviembre de 2007 en partido de Liga.
Tras el partido de Liga frente al Real Betis se convirtió en el segundo jugador de ese equipo con más partidos sumando 452 empatando con Carles Rexach y sólo por detrás de Migueli.
Tras la marcha de Ronaldinho al AC Milan, Xavi heredó la banda de segundo capitán del equipo, por detrás del primer capitán Carles Puyol.[5] El 19 de octubre de 2008 se hizo público que Xavi era uno de los 30 candidatos al Balón de Oro que otorga la revista francesa France Football al mejor futbolista del fútbol europeo[6] y el 27 de octubre del mismo año FIFPro incluyó a Xavi dentro de su once ideal del año.[7] El 2 de diciembre se publicó la clasificación final de jugadores que optaban al Balón de Oro y Xavi aparecía en quinto lugar con 97 puntos.[8] El 13 de diciembre se publicó la lista de los 5 finalistas que optaban al premio de Jugador Mundial de la FIFA y Xavi se encontraba entre ellos.[9]
El 19 de diciembre de 2008 firmó la renovación de su contrato con el FC Barcelona hasta 2014.[10] El 11 de enero de 2009 Xavi cumplió 300 partidos en Primera División con el Barcelona en el partido frente al Osasuna, que acabó con 2-3 a favor del club catalán y en el que Xavi marcó el segundo gol de su equipo.[11] Un día después se hizo pública la lista final del Jugador Mundial de la FIFA 2008 en la que Xavi figuraba como quinto mejor jugador del año, por detrás de Cristiano Ronaldo, Lionel Messi, Fernando Torres y Kaká.[12]
El 11 de marzo de 2009 recibió de manos de William Gaillard un cheque por valor de 100.000 € como reconocimiento por ser elegido capitán en el Equipo del Año 2008 por los visitantes del sitio web de la UEFA.[13] El premio irá destinado a ayudar al Comité Internacional de la Cruz Roja, especialmente al proyecto que apoya a las víctimas por el conflicto de Afganistán.
Xavi fue elegido el Jugador del Partido, en la final de la Liga de Campeones disputada contra el Manchester United el 27 de mayo de 2009. Terminó la temporada siendo elegido el 27 de agosto en Mónaco como Mejor Mediocampista de la Liga de Campeones de las UEFA. El premio fue otorgado de manos de su excompañero de equipo Luis Figo.
El 1 de diciembre de 2009 fue premiado con el Balón de Bronce, siendo superado por el portugués Cristiano Ronaldo y por su compañero de equipo Lionel Messi.