Como veo que no está nada claro el tema, he buscado el reglamento oficial de la liga para la temporada 09/10 (en PDF) y así salimos de dudas.
El sistema de clasificación está explicado en la página 3, concretamente en la disposición QUINTA. Los muy cutres han escaneado los documentos, por lo que el texto es en realidad una imagen y no me deja copiarlo, pero a resumidas cuentas, viene a decir que al final de la liga la posición que un equipo ocupa en la tabla viene dada por:
1.- Número de puntos totales.
2.- Goal average particular con el equipo empatado a puntos.
3.- Goal average global, (es decir, nº de goles marcados en todo el campeonato - nº de goles recibidos en todo el campeonato).
4.- Número de goles marcados.
Si a partir de aquí no hay desempate, en el caso de que haya tres o más equipos empatados a todos los puntos anteriores (ya sería casualidad) se decide en favor del club mejor clasificado según los baremos del "juego limpio". Hay que tener en cuenta que esta regla no se aplica si solamente son dos los equipos empatados.
Si aún así sigue el empate, habría que realizar un partido de desempate.
Espero que haya sido de ayuda 
