no tiene ningún misterio hacer esa "aplicación", si la quieres como en tu ejemplo, que está bastante mal realizado.
Con tener las "piezas" guardadas en un xml, o similar, saber usar drag & drop (y hittest para la papelera), e ir añadiendo las piezas que se han "colocado" en un array, asunto arreglado.
Otra cosa es que quieras hacer ese ejemplo que has puesto, pero bien hecho, por ejemplo, que no puedas colocar piezas fuera del "terreno" disponible, que no puedas poner una pieza encima de otra, que si las piezas son incompatibles entre si no te deje ponerlas juntas... hay que hacer 1000 comprobaciones que en la web que pones de ejemplo se las han pasado un poquito por... ahi
Pero vaya, como ya te he dicho antes, no tiene mucha complicación la cosa.