A ver, asi mas o menos para dejartelo claro.
Para llevar las cuentas de visitas de una pagina web, el codigo "por cojones" tiene que estar en la pagina web,
Es mas, si solo quieres ver cuantas veces acceden a una pagina, solo en el index, pero si quieres controlar el acceso a todas las paginas de tu web, entonces deberias tener ese codigo en cada pagina de tu web.
Despues, siempre hay otra utilidad ( yo por ejemplo conozco AWSTATS, pero creo que es para linux, no se si tiene version en W2003server ) , que lo que hace es mostrarte esas estadisticas, en funcion de los logs del servidor ( asi te ahorrarias ponerlo en tus paginas web ).
Te he encontrado un manual ( Ni me lo he leido ) para usar awstats en windows Aqui .
Que necesites 2 supongo que será para contrastar la info entre ellos, o para que?