Hola, tengo unos directorios a los que no quiero que se pueda acceder,que debo poner un .htacces en cada directorio con un deny from all o debo poner un .htacces en el raiz que deniege el acceso a los directorios alos que no quiero que de acceda(en este caso no conozco la sintaxis)?
No soy ningún experto en seguridad, pero yo lo que hago es denegar todo directamente desde el httpd.conf y dar acceso explícito luego a cada directorio, así te aseguras de que no te dejas nada.
Es mejor restringir todo y luego permitir lo que necesites, y que permitir todo y restringir lo que no necesites.