quizás sea una tontería de pregunta pero ¿que es mas conveniente (o que se usa mas) include o meter las paginas aparte y enlazarlas?
te refieres para secciones y tal? lo mejor es usar includes y recoger la seccion por $_GET
< html >
tablas, etc, menus... lo que debe salir en todas las secciones
include($_GET["seccion].".php");
aqui iria el contenido de la seccion
mas tablas o lo que sea, contenido estatico vamos
< /html >
solo es la idea, tiene que desarrollarla obviamente, no le voy a poner todo el codigo de manejo de secciones xD, tendra que comprobar si el archivo existe, errores, etc, y por ejemplo lo q tu pones, que no se puedan incluir ciertos archivos, lo cual se hace con unos pocos ifs
de todas formas yo incluyo en practicamente todas las paginas el archivo q conecta a la base de datos, no me moriria si algun listo lo incluye otra vez xD
switch($_GET[Seccion])
{
case "Noticias":
include("noticias.php");
break;
default:
include("fotodeguner.php");
break;
}
Lo ideal es tener un index y según una variable del GET incluir unos archivos u otros (para separar el código y optimizar las partes comunes).
Peeero para asegurarte, está bien que en cada fichero que no sea el index hagas:
if(isset($INDEX_ACTIVO)){
... /* código ver noticias por ejemplo */
}
Por otra parte y lo que queda profesional es el mod_rewrite.
De tal manera
www.tupagina.com/index.php?seccion=pollo
te quedaría así
Cremita 
#6 joder, pensé que guner estaba en este post, de hecho me confundí y creí que eras tu, ahora no me apetece editar para poner fotodeerdanblo XD además que tu nick no me gusta leerle que me cuesta XD
#7 No es que quede profesional, sino que es más fácil que google te indexe una URL estática a una URL dinámica.
Profesional más bien poquito, a mi me recuerda a aquellos tiempos en que hacías todo el contenido en html :/