Si que puedes siempre que se encuentren bajo el mismo dominio... y la segunda ventana haya sido abierta por la primera (sino tendrás que saberlas identificar lo cual es un pollo mayor)... Con el parent, o identificando la ventana con un nombre o cuando la creas te la pones en una variable (esto último recargar la página perderas ese vínculo).
A la que cambias el dominio del js, dicho js ya no tiene control sobre el código de la otra...
Osease...
Tu puedes abrir desde tu ventana, una ventana con otro nombre siempre que sea bajo el mismo dominio, y mediante el nombre o mediante la variable que te retorna accedes a su documento ya todo su DOM tranquilamente... Incluso puedes recibir eventos de la nueva ventana en un javascript ubicado en la ventana anterior.
una vez esa ventana cambia de dominio sigues teniendo la variable y sigues pudiendo "intentar" acceder pero todos los navegadores inexistentes saltarán con un error de seguridad que parará tu javascript...
Osease, si quieres abrir una dirección de otro dominio asegurate de tener un javascript dentro de su página o no podras tener acceso a ella.
Incluso si necesitas hacer peticiones ajax no podrás a no ser que sean elementos script, css, imágenes (quizá hay alguno más) pero nada más... y tendrás que hacerlos ejecutables en el servidor si quieres hacer algo de ajax bajo servidores diferentes...
Es un pollo te lo juro pq me he visto enmedio de un berenjenal similar...
