Tendrás que utilizar la jerarquía de objetos del navegador, pudiendo asi acceder a cualquiera de los frames, nbo hace falta que toques (en principio) nada de la configuración del explorer o navegador que uses, bueno, por supuesto tendrás que permitir la ejecución de javascripts pero eso se presupone...
Bueno pues al tema, para manejarnos con los distintos frames de una página, utilizaremos el "objeto" frames.
Imaginemos que tenemos una web dividida en 2 frames... en realidad tendremos 3 páginas:
a) La pagina "padre" que contiene los dos frames
b) Un frame hijo
c) Y el otro frame hijo
Para indicar la página en la que estamos usaremos la propiedad window y para acceder a sus dos frames pues: window.frames[0] y window.frames[1]
Ahora, puede suceder que desde un frame, por ejemplo el 1 queramos acceder a la "página padre", que creo que es tu caso... pues para eso podremos utilizar la propiedad parent, es decir:
window.parent.frames[0].bgColor ="..."
Un saludo y suerte