A ver #7 Git (ya sea Github o lo que uses) solo mira realmente el codigo, porque lo hace es "leer" los archivos de codigo fuente y los compara con versiones anteriores, así sabe que se ha cambiado y por ejemplo no te deja mergear si hay conflictos.
Entonces para codigo todo chupiguay, pero para cualquier cosa que no sea eso (Archivos de escenas que pueden contener la cantidad de gameObjects, y similares) git no puede hacerte nada, porque no puede leerlo, no puede saber que hay dentro.
De hecho git todo archivo que no pueda leer lo llama binario y punto.
Dicho esto, acabo de hacer una busqueda en Google y parece que segun esto:
http://docs.unity3d.com/Manual/ExternalVersionControlSystemSupport.html
Plastic SMC y Perforce son sistema de control de versiones orientados a estas cosas, ambos son privativos y la verdad tienen pinta de estar pensados para grandes empresas y la integracion con Unity dice que necesita una licencia de equipo.
También he leido que al parecer Subversion soporta binaries locking, pero no puedo confirmarlo porque no lo he probado.
En mi opinion merece mucho mas la pena establecer quien puede trabajar en que escenas en cada momento (Porque iban a trabajar dos personas en la misma escena a distancia?) y usar Git para el codigo en general.
Una solución que puedo darte es simplemente sube la carpeta de scripts al repo y nada mas, el resto dropbox/drive,etc---