Si el desperfecto del escaneado está en todas las copias en la misma posición, se podría hacer con una acción en Photoshop.
1º Inicias la grabación de la acción.
2º Creas una capa de exposición.
3º Ajustas los valores a Exposición +20 y Desplazamiento +0,5
4º Creas la máscara de capa invertida para esa capa (Mantienes "Alt" al hacer clic en "Añadir máscaras de capa") sin seleccionar nada, para que la acción actúe de forma dinámica sin buscar el nombre de la capa concreta cada vez que la llames en caso de que hubieras clicado en alguna.
5º Pintas en la máscara de capa las zonas en las que quieres aplicar dicho ajuste con una pequeña tolerancia para que te pille esa zona en todas las hojas.
6º Ctrl + Shift + E y Ctrl + S y guardas en el mismo formato del archivo original para que cuando le pases la acción no te salte el diálogo todo el rato.
7º Dejas de grabar la acción.
Abres las páginas del PDF en batches de 20-30 para que no te pete el Photoshop y clic a la acción.
Seguramente se pueda hacer una acción que para cada documento que abras llame a la acción que has configurado en los pasos anteriores, pero nunca lo probé ya que no me hizo falta en su día.
EDIT: Vaya xD congrats.