No sé qué uso le podrías dar a eso, pero quizás resulte más fácil tratar con el resultado del ipconfig en un fichero de texto que en una consola de windows.
Con esta instrucción obtienes el resultado en un fichero de texto:
ipconfig > c:/resultado.txt
Ahora bien, si lo que quieres es obtener la IP automáticamente, debería programarse de esta manera (Java):
// Ejecutar esa instrucción
Process proceso = Runtime.getRuntime().exec("ipconfig /all" );
//Guardas el resultado en un buffer de entrada
BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(proceso.getInputStream()));
//Recorres línea tras línea el texto buscando la IP
String linea = "";
while((linea = in.readLine()) != null)
//buscas la ip en la línea correspondiente y luego haces lo que quieras con ella
//por último cierra el proceso
No sé si eso puede funcionar correctamente pero es lo primero que se me ha venido a la cabeza. Suerte