#1 El whatsapp, si lo has pagado en ios, lo tendrás de manera vitalicia al pasarte a android. Otras aplicaciones que no se asocian con el número de teléfono o la dirección de correo electrónico sí tendrás que volver a pagarlas.
En cuanto a aplicaciones imprescindibles, tienes algunos post en MV que te pueden servir para hacerte una idea:
http://www.mediavida.com/foro/aplicaciones-movil/android-apps-solo-dudas-412431
http://www.mediavida.com/foro/aplicaciones-movil/cuales-son-tus-tres-aplicaciones-ano-498674
Por decirte unas cuantas, swiftkey (un teclado), quickpic (galería de imágenes), Cerberus (por si te roban el móvil), poweramp (reproductor de música), MX Player pro (reproductor de vídeo), Nova launcher (un launcher para personalizar el móvil a tu gusto), Airdroid (explorador de archivos y para controlar el móvil desde el ordenador, pasarle cosas sin clable, etc.), o pocket (para guardar páginas de internet y verlas después sin conexión).
Edit: en cuanto a actualizaciones de software, en caso de que se tenga que actualizar, te saltará la ota y lo harás de forma automática, como en ios. No obstante, cuando lleves un tiempo en android, seguramente quieras experimentar e instalarte alguna custom rom, como CyanogenMod o similares, porque samsung suele meter bastante guarralla y aplicaciones inútiles.