#1 Te pongo los mismo que el otro hilo que has abierto, lo cual, no tiene sentido.
Se me ocurren 2 formas:
1.- Secuenciaría la muestra de DNA original sin recurrir a PCR.
2.- Aislaría los dos fragmentos de de PCR (que supongo que estan en un gel de poliacrilamida), haría maxiprep o miniprep con ellos y los secuenciaría.
Todo esto dando por hecho de que hay mas de una banda y que tu tienes la certeza de que deben de salir mas de una banda.
Si es una sola banda muy ancha...pues es síntoma de que la PCR tenía demasiados ciclos y se han amplificado demasiados fragmentos dando una concentración elevadísima. Por consiguiente, diluyo mas las muestras a la hora de pinchar en electroforesis o repito la PCR con menor ciclos.
Aún así, falta mucha información en lo que has contado. Cuando haces una PCR "se supone" que debes saber la secuencia que vas a amplificar ya que tu seleccionas los primers. Por tanto, debes saber como son las bandas que salen, cuantas y el peso molecular que deben tener (usando un marcador de peso molecular).