Vamos a ver.
40k al año en Madrid (brutos) en el sector de las TIC (Teleco, Informática, etc) es muy común. Es fácil irse allí a vivir y empezar cobrando eso desde el primer momento si ya vas con 2-3 años de experiencia. Vamos, que no es ninguna fantasía.
Tu sueldo está bien, si te gusta la empresa y estas motivado quédate. No le des más vueltas. Yo también valoro el lugar del trabajo (dónde está la oficina digo), el horario y su flexibilidad, etc. Para mi eso es muy psicológico. Por ejemplo, ahora me pilla el trabajo, uno nuevo en el que llevo 2 semanas, a 15 minutos de casa, bastante céntrico (es bonito porque en los descansos me bajo y me paseo por ahí y hay mucho ambiente), y me permite llegar sin madrugones y a las 7.30-7.40 e irme sobre las 15.30 y comer en casa todos los días.
Eso antes no lo tenía, porque era un trabajo que tenía que coger transporte público y se me iban 45 minutos y el horario no podía moverlo. Era el que era. Además ahora tengo tele trabajo puro y duro... como si no paso por la oficina en 1 mes, aunque me gusta ir porque así salgo de casa y me gusta el lugar donde está y todo eso.
Pues eso, que si se cumple sueldo+parte psicológica pues no cambies. Los sueldos que estás teniendo están bien, en Madrid al menos 40k para arriba. Ya con eso ya uno puede estar viviendo allí tranquilo, a partir de ahí pues miras otras cosas también.
También tienes que ver que otra empresa te ofrezca 45k y si te merece la pena por la responsabilidad y el estrés que te pueda ocasionar de que te exijan ir ahí sin levantar cabeza.