El uv2 es para materiales que se superponen al albedo, lo podrás usar si activas alguna de esas propiedades:
https://godotengine.org/qa/63312/questions-about-uv1-and-uv2-in-spatial-materials
De todas formas no te recomiendo usar primitivas, hay un plugin oficial de Godot para Blender, osea que literalmente solo tienes que darle en Blender a nuevo proyecto, y darle a exportar, y te exporta una escena de Godot.
https://docs.godotengine.org/es/stable/getting_started/workflow/assets/escn_exporter/index.html