NTFS es un sistema de archivos diseñado para la seguridad y el rendimiento.
Cualquier unidad en FAT16 o FAT32, puede convertirse a NTFS con la aplicacion convert que incluye Windows NT / 2000 / XP / 2003.
El rendimiento en NTFS, especialmente en directorios con muchos archivos supera con creces al rendimiento en FAT.
NTFS es tolerante a fallos, no necesita un "scandisk" al reinicio/cuelgue.
NTFS trae soporte avanzado de seguridad. Esto es puedes tener varios usuarios en tu ordenador y restringuir a que archivos acceden, o incluso cuanta capacidad del disco pueden usar.
NTFS soporta compresion y encriptacion, esto es, puedes elegir el archivo que desees (o conjunto de ellos) y comprimirlo/encriptarlo de forma transparente. Para los programas el archivo se accede de forma normal, pero esta comprimido (con lo que ocupa menos) o encriptado (con lo que solo el propietario y los usuarios autorizados pueden leerlo, o un administrador de recuperacion, que es un tipo de usuario especial diseñado para recuperar archivos encriptados si se ha perdido la llave).
Esta es la forma mas sencilla de explicar las diferencias que conozco, aparte de que 2k / XP / 2k3 solo te dejan formatear como NTFS unidades de mas de 32Gb, y lo ya hablado del slack (o sea perdida por el tamaño de cluster, de 4Kb por defecto en NTFS, de 64Kb en FAT32.)
Saludos