Creo que eso dependeria del sistema operativo.. pero p.e. podrias usar varios scripts añadidos a los nivelees de arranque para cargar/descargar los bookmarks automatizadamente...
Uno de descarga podrias usar el wget , y el tar, para desempacar los directorios que contengan los bookmark, ..
Para subir los archivos a la url.. podrias usar de nuevo el tar para empacar estos archivos, crear un script php para la subida, y usar curl para pasar el archivo y parametros al script....
Una vez tengas los scripts, un tercer script para añadirlo a los runlevels, de tal manera que al inciar te descargue el bookmark, y al cerrar suba lo que tengas nuevo...
Probablemente me salte alguna cosa ( ademas de como seria el script en si )
Aunque si tuvieras la opcion, antes que usar curl y wget, usaria tftp, ya que te saltarias el proceso del script php y es comun a ambas plataformas. Tb podrias usar el winrar en linea de comandos para desempacar los archivos tar.