Tienes que borrar la particion con el fdisk, despues crear otra y darle formato, no puedo decirte mas pq me piro que tengo prisa :s
q buenos tiempos me a echo pasar el windows 98.q es el que puewde reiniciar a dos.mete el disco de win98 y hazlo como bien dicen.
Todo depende de que Sistema Operativo uses. Si lo dijeras te podríamos ayudar 
Tambien depende de que si el Disco Duro que quieres formatear sea El Primario o el Secundario (Master o Eslave respectivamente).
por deduccion está usando windows 2000 o windows xp.
Sí quieres formatear, primero crea un disco de inicio uno de 3y1/2 ( los pequeños). Y te vas a MS-Dos
Allí pones a: (le das al enter)
despues pones fdisk (le das al enter)
y allí se te abrirá un programa donde deverás borrar tu partición NTFS y que se quede una con FAT32. Y tachan ya ta
A ver no necesitas ningun diskete.
Solamente te hace falta tener el CD del windows XP.
Deduzco que el disco Duro que quieres formatear es el MASTER. Lo que tienes que hacer es:
1º Reinicias el ordenador.
2º Entras en la BIOS.
3º Cambias el comando para que el ordenador se arranque desde el CD-ROM.
4º Metes el CD del XP.
5º Una vez has cambiado eso en la bios y has metido el CD-Rom reinicias, y el ordenador deberia iniciarse desde el CD. A lo mejor te preguntará si quieres iniciar desde el CD.
6º Ahora lo unico que tienes que hacer es seguir los pasos que te aparecerán (Que desea hacer ? Instalar windows XP home..., Formatear la unidad C:..., rápida o lenta..??, etc).
Suerte!
mira tio mete tu cd de xp reinicia, de ay el cd te va a arrancar solo y poner deseo instalar xp y de ay te sale eliminar particio , eliminala y crea una nueva hay pones formatear con sistema fat32 y apenas formatea reinicia y metes tu cd de win98
nota: despues q formatee no dejes copiar los primeors archivos del xp si no te caga todo
salu2