Una vez lo compilas con el make, si lo hace bien, ya tienes los ejecutables en el mismo directorio donde lo compilas (o algún subdirectorio dentro de este).
Para poder ejecutarlo, solo tienes que llamarlo desde la consola. La consola tiene una variable de entorno llamada PATH, que es como te ha dicho CeeC, la lista de directorios donde busca para encontrar los ejecutables. En mi caso:
marc@bergunter:$ echo $PATH
/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/games
Es decir, cuando tecleo una orden, la consola se va a buscar primero a /usr/local/bin, si lo encuentra lo ejecuta, y si no pasa a los siguientes, /usr/bin, /bin, /usr/games.
Una vez dicho esto, nada más compilar un programa con el make, el ejecutable no está dentro de uno de los directorios del PATH, por lo que aunque lo llames no lo vas a poder ejecutar.
Los Makefile vienen con una opción, como te han dicho antes, que sirve para mover todos los ficheros que necesita el programa, no solo los ejecutables, sino ficheros de configuración, gráficos, sonidos, etc, a donde corresponda. Normalmente los ejecutables van en /usr/bin, y el resto se pone en /usr/share.
Así que el procedimiento correcto es:
./configure
make
make install (como root)
Hacer cualquier otra cosa (mover los ficheros a mano, por ejemplo), no es recomendable, ya que el make install lo hace todo automático.
Por último, si te fijas se llama a ./configure. Esto es porque el ejecutable (que en este caso es un script), no se encuentra en el PATH, por lo que tienes que darle la ruta para que llegue al ejecutable. El ./ indica que encuentra en el directorio actual, seguido del nombre.
Imaginate que tienes un directorio en tu home donde metes algunos programas, por ejemplo en /home/pepito/programas.
Para ejecutar esos programas, deberías de tener el directorio en el PATH, o cada vez que quisieras llamarlos, tendrías que escribir /home/pepito/programas/nombredelprograma.
Espero que te haya quedado claro.