Wenas, vereis actualemente uso la distribucion knoppix de linux, en la que trabajas desde el cd.
Weno mi pregunta es, para instalarme la conexión en linux tengo que cambiar la configuracion de mi router y si es asi, me afectaria dicho cambio cuando trabaje desde win?
La tienes que configurar para que te funcione en Linux desde Linux, no te va a tocar nada de windows ni del propio router 
lo unico q gestiona el router son ls direcciones IP y ls puertos abiertos a cada IP privada, de echo ls routers no tienen sistemas operativos.
La idea es q ls IPs ls da segun ls direcciones MAC de cada tarjeta, asi q da igual q uses Win o Linux, la MAC d tu tarjeta va ser la mism y por lo tant la IP tb.
A mi no me da problemas pasand de Red Hat a WinXP.
Ejecuta ifconfig para ver las taajetas de red que tienes. Si solo tiene una que pone "lo" entonces no te ha detectado la tarjeta de red y ese es otro problema.
Si la tarjeta de red te la pone como eth0:
Suponiendo que tengas el router en multipuesto y tiene como ip la 192.168.0.1 y la ip de tu pc en windows es la 192.168.0.2. Deberas teclear en consola:
1.- Configurar la tarjeta:
ifconfig eth0 192.168.0.2 netmask 255.255.255.0
2.- Configurar el gateway
route add default gw 192.168.0.1
3.- DNS: Edita el fichero /etc/resolv.conf y añade al final
nameserver ip_dns_1
nameserver ip_dns_2
Si todo ha ido bien ya debes tener red.