Joe, no esperaba tantas respuestas Os contesto uno a uno:
#2, no sería en principio necesario automatizar la tarea, porque no es mi intención tener las 24h el pendrive pinchado al ordenador. Por tanto el script que tú me has pasado no sería muy necesario, puesto que no me supone mucha diferencia borrar los archivos manualmente y volverlos a grabar. La idea es tener un programa que me copie lo más eficientemente mis datos, es decir: si hay datos que no han sido modificados, que éstos no se vuelvan a copiar. Si hay datos que han sido borrados, que me los borre (o que me pregunte si los quiero borrar) del pendrive también. Si se han modificado otros, que los actualice, y si hay unos nuevos, que me los añada.
#3, unison permite que los datos se actualicen en una única dirección?
#4 tomo nota de ambos, les echaré un vistazo.
#5, creo que eso tampoco hace lo que pido exactamente.
#6, más o menos. Solamente voy a trabajar con la copia que tengo en mi disco duro. El pendrive lo usaré únicamente para almacenar copias de seguridad, por si alguna vez le pasa algo al disco duro, pero en el pendrive no se va a grabar nada que no se haya actualizado en el disco duro antes, no sé si me explico. Resumiendo: trabajo en mi disco duro y guardo una copia en el pendrive, y no al revés.
#7, ok, le tendré que echar un vistazo, porque lo recomendáis todos.
Muchísimas gracias a todos por contestar, seguiré atento al hilo por si alguien sigue dando más opiniones.
Un saludo!