El modo normal en que los windows hacen las descargas es asi: conforme le van llegando datos, los va añadiendo en un fichero en el directorio tempora. Ua vez que la descarga ha terminado, lo copia a la carpeta que tu le has dicho como destino y lo borra del directorio temporal. En ocasiones (por ejemplo cuando la descarga se ha cortado) no lo borra del temporal, llenadose este de basura. Esto lo hace por si le dices que inicie la descarga de nuevo, se empieza a descargar a partir de lo que ya tienes en el temporal.
Si lo que te ocurre es que no te lo mueve del temporal al de destino, segurente tengas que reinstalar (o pasarte a linux )