Yo no usaria FAT bajo XP/2k en la particion donde este el sistema. FAT penaliza mucho los accesos a los directorios que tengan mas de 255 ficheros, y directorios de esos bajo XP/2k hay unos cuantos.
Yo usaria NTFS para la particion de sistema bajo XP/2k, es mas segura, soporta correctamente los permisos de ficheros, se fragmenta mucho menos, y sobre todo es el sistema de ficheros nativo de estos dos SO (el soporte de FAT se añadio a posteriori al nueclo NT).
Asi que lo ideal es tener una particion exclusiva para el sistema operativo, lo mas pequeña posible bajo NTFS si estas usando XP/2k, y luego a mayores las particiones que quieras bajo FAT32 con el resto de programas, juegos, etc...
En cuanto a la pregunta original, no hay que formatear nada a bajo nivel, lo que hay que hacer es eliminar la particion NTFS y crear una particion FAT, lo cual se hace con la utilidad FDISK, luego solo habra que formatearla normalmente y ya quedara lista para usar.