El .cue es un archivo index de los .bin.
Cuando vas a grabar un .bin, lo que haces es seleccionar el .cue y este a su vez está relaccionado con el .bin.
Yo te recomiendo, que tus "copias de seguridad" de bin y cue las intentes sacar de páginas webs, pero no del emule porque puede que el .cue no corresponda el .bin o por ejemplo si son varios cd's, cada bin no tenga nada que ver con otro y demás...
si son un cd bajate el .cue y .bin si te funciona bien y si no, siempre puedes hacerte un .cue con el bloc de notas o grabar el bin a pelo con alcohol.