#1 Arranca desde el CD de windows y espera a que se cargue todos los archivos. Una vez termine, te sale dos opciones:
1 - Pulsar Enter para acceder a la particion/es para Instalar/Reinstalar Windows.
2 - Pulsar R para acceder a la consola de recuperación.
Una vez que estas en la consola de recuperación, accede a la partición donde tienes instalado Windows y ejecutas el comando chkdsk /r (encuentra sectores defectuosos y repara la información que falta). Decir que tarda mucho, dependiendo de cuanta información tengas.
Como no especificas cuando te salta el error, prueba también a ejecutar los comandos fixboot y fixmbr por si es el sector de arranque el que falla.
Normalmente con esto se suele solucionar, sino toca reinstalar.