En cuanto a tus problemas con los entornos combinados entre win y linux, sinceramente nose como esta el tema en tu empresa, o entorno donde trabajas. Pero yo empezaria a investigar si sale factible hacer la migracion integra a un entorno totalmente GNU/Linux. empezando por el terminales cliente. En el caso que realmente se corran aplicaciones sin substituto libre, montaria un Terminal Server con sessiones concurrentes, en el cual cada usuario podria correr las aplicaciones que necesite, pero el equipo terminal seria nada mas que un linux que iniciara en modo X11 y Rdesktop $IPSERVER -user -pass -domain
Bueno, que de hecho estoy haciendo la migracion con terminales cliente, creo que ya toque en mi tema la infraestructura base de la empresa, que es basicamente MS por todos lados.
En cuanto a la solucion de terminales concurrentes, ya la he aplicado y estoy experimentando con "seamlessrdp", funciona muy bien y hasta ahorita no da nada de problemas.
La cosa es trabajar con lo que ya se tiene y evitar cambiar la forma de trabajo, puedo meter servidores "traductores" o intermediarios, pero no puedo cambiar nada del entorno formal de trabajo, solo para que te des una idea, es una empresa multinacional, y se tiene un IPDSLam para toda la empresa sola... :S
El chiste es que aqui se casan con lo que les dice el proveedor, Yo recomende que usaran CentOS para SAP, pero no quisieron y se fueron con una version Vieja de RedHat que tenian por ahi... por la licencia, cosa que carece de sentido.
Asi la cosa.