Y no me cabe más en el titulo, pero basicamente, cuando reinicio el ordenador o cuando doy boton derecho -> actualizar en el escritorio, se organizan automáticamente aunque la opción esta desactivada, no tengo ni idea de que puede ser pero me toca la moral.
#1
Pulsa la tecla Windows + R
Escribe msconfig
fíjate en los servicios y programas de inicio.
Todo lo que veas anormal lo desactivas. (Para los servicios marca la opción de esconder servicios de windows).
Esto me suena a algún asistente para la gráfica o algo que está dando por culo.
#3 otra prueba que se me ocurre, es que organices los iconos como quieras y desactives la visión de iconos en el escritorio. Reinicia y vuelve a activar la visión de iconos, a ver si siguen igual.
También fíjate si hay algún cambio de resolución durante el encendido o apagado del sistema