Sigue los siguientes pasos:
Te agencias un disco de arranque de DOS (bootdisk.com creo que era), si no tienes un CD de autoarranque de Win98 procura que el disquete tenga soporte para CDROM (el disco de arranque que crean los Win98 es ideal para esto).
Te agencias el Partition Magic, version superior a la 5.5.
Te aseguras que haya espacio libre suficiente en tu hd para win98.
Con el PM reduces el tamaño de la particion del Win2k, y en el espacio sobrante creas una particion primaria con FAT (hasta 2 Gb) o FAT32 (a partir de 2 G, te recomiendo FAT normal porque es lago mas rapida que la FAT32.
Con el PQBoot que vendra junto con el PM, escojes como particion de arranque la nueva particion vacia que has creado y reinicias.
Comprobaras que ahora el ordenador no arrancara desde disco duro, ya que no encontrara SO desde el cual arrancar, asi que arrancas desde disquete, y a partir de ahi instalas el Win98se.
Para volver al win2k vuelve a usar el PQBoot, si lo quieres tener mas comode te puedes instalar el Boot Magic o similar, que te preguntara cada vez que enciendas el ordenador desde que SO quieres arrancar.
Lo ideal en estos casos es tener una tercera particion extendida con FAT32 desde la cual compartir datos entre los dos SO. Si tienes espacio de sobra, yo es lo que haria, ya que las particiones primarias de normal no se pueden ver entre ellas.