Por lo que he leído lo más perjudicial para las baterías de litio es la temperatura y el fenómeno de la pasivación:
"La pasivación consiste en la formación de una película de cloruro de litio (LiCl) en la superficie del ánodo. De algún modo sirve para evitar la autodescarga, cuando la batería no está siendo usada. Esta delgada película es, funcionalmente, una resistencia. Pero está claro que puede producir una caida de tensión o "retraso" en la entrega de energía, Conforme la batería va siendo usada, esta fina película va desapareciendo. El problema está en que la caida de tensión puede ser lo suficientemente abrupta como para que la cámara de video se apague. Cuanto mayor sea la energia requerida al principio, más acusado puede ser el problema. Cuando dejamos de usar la batería, la película vuelve a irse formando."(copy&paste de http://www.imagendv.com/liion1.htm)
También es perjudicial dejarlas al 0% de carga, más aún si se deja un tiempo prolongado, aunque en los portátiles es recomendable descargarla completamente una vez cada 30 ciclos para que se recalibre el medidor de energía. Hay muchas teorías sobre el uso de las baterías, que si hay que desenchufar el portátil de la corriente, y cuando esté casi vacía volverlo a conectar, quitar la batería, dejarlo enchufado,... en la siguiente entrada se explica perfectamente: http://www.elfrancotirador.cl/2006/09/04/baterias-de-litio-ion-mitos-y-leyendas/
"¿Es perjudicial para la batería de un notebook que este trabaje siempre conectado a la corriente?
Qué bueno que lo pregunten porque no sólo ES perjudicial, sino que una computadora portátil es el escenario más nocivo sobre el cual puede funcionar una batería debido a dos factores letales: calor y estrés.
El calor actúa disminuyendo la resistencia de la batería, por lo que su capacidad para retener electricidad será cada vez menor. De hecho una batería de Litio-Ion nunca debiera trabajar a temperaturas sobre 60ºC (rango que se aproxima a los 40ºC a 50ºC de algunos notebooks). A su vez, mantener la computadora conectada a la corriente estando en uso le genera un ‘estrés’ constante, debido a que la fuerza a conservar un 100% de su carga.
El daño es tal, que una batería cuya carga se mantiene al 100% a 60ºC, luego de tres meses conservará sólo el 60% de su capacidad total, reduciendo su vida útil a escasos 12 meses.
¿Qué hacer para evitarlo? Si ocupas el notebook como reemplazo de un equipo de escritorio, lo más aconsejable es retirar la batería. Pero, como al quitarla queda abierto su compartimento, no se recomienda si la habitación donde trabajas está demasiado expuesta a la humedad o el polvo."
O sea, que no tiene nada que ver con lo que se suele decir de si es malo que la batería esté continuamente recargando, que se sobrecargue o demás, es por la temperatura, así que lo mejor en tu caso, si no puedes quitar la batería es ponerle un sistema de estos de refrigeración con ventiladores (http://www.akasa.com.tw/images/product_photos/notebook_cooler/water_mark_nbc02b.jpg), y cuando no puedas usarlo bajar el rendimiento del procesador y la gráfica para que generen menos calor
