Una opción solución muy elegante para este problema es jugar un poco con el registro de Windows para añadir una nueva entrada al menú secundario del Explorador, que haga ejecutarse a un programa de "DOS" sin que finalice su ventana.
Pego a continuación el .reg que tengo hecho para esto, ya sabéis, copiar y guardar en un fichero de texto con extensión .reg, y después ejecutar:
Windows Registry Editor Version 5.00
; Ejecutar .exe .com y .bat en una ventana que no finaliza
[HKEY_CLASSES_ROOT\exefile\shell\cmd\command]
@="\"cmd.exe\" \"/k %1\""
[HKEY_CLASSES_ROOT\comfile\shell\cmd\command]
@="\"cmd.exe\" \"/k %1\""
[HKEY_CLASSES_ROOT\batfile\shell\cmd\command]
@="\"cmd.exe\" \"/k %1\""
Al hacer click con el botón derecho sobre un fichero .com, .exe o .bat, seleccionando la opción "cmd" el fichero se ejecutará desde una shell que no finaliza.