La placa base en la que vas a montar la tarjeta tiene AGP o PCI-E?
Si es AGP tendrás que meterle una tarjeta AGP por narices, y viceversa, si tienes PCI-E tendrás que instalar una tarjeta PCI-E, ya que además de las diferencias electrónicas el AGP es fisicamente incompatible con PCI-E, a no ser que quieras encajarlo en plan picapiedra serrando el slot o la tarjeta...
Realmente por el momento no hay demasiada diferencia de rendimiento entre las tarjetas AGP y su homónima en PCI-E.
En cambio de cara al futuro ahora mismo a no ser que quieras montar una plataforma REALMENTE barata no merece la pena continuar con el AGP y pasarse directamente a una plataforma con PCI-E, especialmente de cara al futuro para mas que posibles actualizaciones.