Algunas placas adolecen de un problema denominado "COLD BOOT", ahora mismo recuerdo que muchas de las Asus P4PE sufrían esto mismo, nunca arrancan a la primera, a alguna gente se les resolvia cambiando las memorias por otro tipo/marca o simplemente cambiando timings, opciones de bios o incluso fuente, la verdad es que cuando ocurre el COLD BOOT suele ser un fallo de diseño del board y no existe ninguna resolución explícita, cambiando cosas puede que se te arregle o puede que no, no obstante aunque engorroso sí es, tampoco trasciende más alla, una vez en marcha el equipo debería funcionar bien.
No se si éste será en concreto tu problema pero lo comento por si acaso.
Apocalipsis.