1: NTFS es un sistema de archivos más moderno y seguro, que permite establecer permisos a los archivos para que no sean accesibles por todo el mundo, también permite archivos de mayor tamaño que 4 GB, cosa que FAT32 no, y evita mejor la fragmentación.
Ten en cuenta que NTFS puede ser accedido por los sistemas Operativos WinNT/2000/XP, en cambio bajo Win95/Win98/WinMe no se puede acceder a una partición NTFS.
El rendimiento es similar, las diferencias destacables son las que te he contado anteriormente.
Ahora te toca elegir a ti
2: Normalmente el propio cd de Windows hace como disco de arranque. Simplemente debes indicar a la bios que arranque desde el cd-rom, para ello debes ir a tu bios y en una opción normalmente llamada "Boot Sequence" elegir como primera opción de arranque tu lector de cd-rom. Después de hacer esto, metes el cd de windows en el lector, reinicias y te arrancará con el cd. Después de arrancar te preguntará si deseas instalar windows.
3: De nada
Ciao.