La gráfica integrada, dependiendo del modelo, es literalmente una GPU integrada en el propio chip de la CPU. Por lo que cuando esté en uso esa integrada va a subir también la CPU porque son dos componentes en la misma superficie a disipar.
Aun con el aumento de temperatura de la CPU el consumo va a ser menor que el activar la 2ª GPU de nvidia, por lo que el equipo te va a tirar siempre con lo que consuma menos salvo que pases a una aplicación de graficos 3D o que requiera alta carga de gráficos (como juegos).
En teoría es el diseño más eficiente para un menor consumo energético, y no deberías desactivar el integrado ni tener necesidad de hacerlo, ya que el sistema pasará a la de mayor rendimiento cuando lo necesite. La única manera de desactivar la integrada de verdad es desde la BIOS.
En todo caso si quieres intentar mejorar la temperatura de la CPU, pégale una limpieza a los blowers y cambia la pasta térmica como ya te han dicho, a parte de tener el equipo siempre un poco levantado aunque sea poniendo un par de gomas de borrar en las esquinas del culo, y no tenerlo encima de ropa o del cuerpo, para procurar que estén siempre despejadas las ranuras de ventilación.
Si fuerzas el desactivar la integrada el equipo seguramente se haga la picha un lío con la directiva de rendimiento/ahorro energético y es lo que hace que te de ese rendimiento tan raro si lo haces.