Una de las cosas que me imaginaba era esa, un fallo del compositing.
Podrías hacer lo siguiente.
Primero revisa la paquetería de fedora y comprueba que tengas todas las dependencias de compiz fusión instaladas. Seguramente el paquete se llame compiz-gtk, o similar, depende de tu distro.
Al actualizar puede que algunos paquetes no se hayan updateado correctamente, asi que lo primero sería eso.
Lo segundo, una solución un tanto "workarround" sería cambiar el gestor de ventanas y cargar en compiz fusión las ventanas de "emerald". Para ello deberías instalar emerald, e iniciarlo automáticamente agregando el siguiente comando en el menú "decoración de ventanas" del Compizconfig settings manager (si no lo tienes bájatelo se suele llamar asi o ccsm).
Saludos.
Editado:
Una tercera, como bien dice Get, sería crear un perfil nuevo dentro del CCSM, y reconfigurar los plugins desde 0.