Yo solamente le veo dos fallos en Linux:
1- El problema de lentitud de los flash por la versión de gtk usada para su compilación. Se puede solucionar bajándose otra versión compilada... pero yo como tiro de apt-get... :S
2- No sé porqué no quiere pillar el plugin de Java. En Mozilla 1.6 lo tengo metido perfectamente (plugin de java compilado con gcc 3.2), pero en firefox si le pongo ese plugin no arranca... :S
Aún así me parece el mejor navegador -de hecho lo uso-. Si necesito java o ver una peli flash (para botones no molesta) pues uso el mozilla 1.6.
Al fin y al cabo el mozilla 1.6 lo uso para páginas que me pidan cookies a saco (como el correo hotmail), xq en firefox tengo las cookies deshabilitadas y permitidas solamente a los dominios que quiero...