Es más sencillo que todo eso:
En Windows, vete al administrador de dispositivos (la clásica lista que muestra todos los componentes de tu PC). Botón derecho sobre Mi PC -> Propiedades -> Administrador de Dispositivos.
Selecciona el disco duro en cuestión (yo lo hago con todos los discos en mi equipo); verás que hay una pestaña que se llama "Directivas". Casi seguro que están sin seleccionar las opciones más avanzadas. Activalas todas, (rendimiento avanzado, etc...).
Una vez hagas esto, tus discos externos (e internos) irán al máximo que puedan funcionar. Si hay limitaciones por hardware (por ejemplo que tu disco duro en concreto entre en hibernación de algún modo y no haya forma de cambiar esto, porque ha sido diseñado así) al menos minimizarás lo máximo posible estos problemas.
Así se te ralentizará mucho menos el sistema cuando utilices discos USB / Firewire.
Ojo, esto tiene su peligro -> A partir de este momento, no desconectes los discos duros quitando el cable, etc... comprueba que no están siendo utilizados por el sistema, quítalos solo cuando esté apagado el equipo, o desmontándolos desde el control de periféricos USB, etc... Hay una razón para que entren en ese modo de hibernación -> evitar la pérdida de datos si andas conectando y desconectando el disco.
Para evitar nuevos bajones del rendimiento, si vas a estar desconectando y conectando los discos externos comprueba cada vez que lo hagas esas mismas opciones avanzadas del administrador de dispositivos (porque pueden volver a los parámetros "seguros" cuando los vuelvas a conectar).