La versión de 64 bits no es recomendable, de momento, si quieres tener un sistema de escritorio 100% funcional.
Bien es cierto que la inmensa mayoría de las aplicaciones ya están portadas a amd64, hay muchas de uso común que no lo están. De hecho, dudo que el 99% de las aplicaciones que usa Linux tengan su paquete amd64, ya que probé una distribución de 64 bits y muchos de los paquetes que instalé necesitaban la lib32 (librería de "emulación" de 32 bits).
Por ejemplo, flash de Adobe es una aplicación que no posee soporte 64 bits y se usa a diario en muchos casos. Lo que se hace es precisamente usar un wrapper de 32 bits y "emular" su ejecución en 64, lo que produce en muchísimos casos cuelgues y errores.
Por otro lado, está probado en muchísimos benchmarks que la velocidad de tu ordenador no mejorará del orden del doble, como mucha gente pretende creer. Que sea de 64 bits "sólo" significa que los datos pueden ser el doble de grandes que con 32, lo que mejora la precisión a grandes rasgos y no la velocidad (que podría empeorar en muchos casos). Se han probado aplicaciones que corren más rápido (ligeramente) con un sistema de 32 bits que con uno de 64, en cambio si las aplicaciones que das más uso son aquellas con cálculo en coma flotante (diseño gráfico, edición de sonido...) quizá sí que podrías notar una mejor precisión e incremento de velocidad (tampoco algo que puedas darte cuenta). Para que te hagas una idea, en compilaciones usando gcc de programas "largos" la diferencia ronda el par de segundos para compilaciones de 300 segundos... insignificable vamos.
Yo te recomendaría i386 si lo que quieres tener es un sistema 100% compatible con todo y no preocuparte por situaciones especiales que presenta la de 64 bits. Si utilizas aplicaciones de diseño y demás prueba la de 64, que tampoco es que sea incompatible, porque funciona muy bien, pero no es compatible de facto como la de 32.
Un saludo.