De NES he oído hablar muy bien de Kick Master y Legacy of the Wizard. De entre lo que he jugado, te recomiendo mucho los Dragon Quest III y IV, y SMB2: The Lost Levels. Y si por casualidad estás dispuesto a empezar un juego pero que no sabes si perderás la guerra a mitad (existe ese riesgo y a mí me pasó), te recomiendo muy fuertemente el primer Fire Emblem. El segundo también, aunque es un poco más denso.
De SNES te recomendaría Ihatovo Monogatari, Megaman & Bass, FF V?, Panel de Pon y Umihara Kawase. Quizá te guste también Bushi Seiryuuden, que es de Game Freak, por cierto.
De Game Boy, Megaman III, IV y Kid Dracula. Quizá te guste Donkey Kong 94', y a mí personalmente me gusta Castlevania: The Adventure.
De GBA no sé si considerarlo joya oculta, pero Kirby y el Laberinto de los Espejos. Mother 3 no puede faltar tampoco.
De Mega Drive te recomiendo mucho Alien Soldier y sobre todo Ristar.
De Virtual Boy prueba el Wario Land de esa consola y Jack Bros.