Mi interpretación es que todo se reinicia si no escojemos borrar los datos definitivamente (como lo que ocurre en Gestalt). Si os fijáis en el documento de la torre, cuando hablan de 2N (las niñas vestidas de rojo) hablan de que el sistema operativo que controla a las maquinas ha evolucionado, mutado y absorbido conocimientos humanos gracias al proyecto Gestalt. Pero su misión principal es siempre la misma: tener un enemigo. Así fueron programadas por los aliens.
Por lo tanto, entiendo que el Ending E reinicia la historia (no me queda claro en qué momento pues tanto A2, B2 y 9S están en la ciudad, y no parece haber cráter) es un ciclo infinito que se repetirá durante miles y miles de años porque la realidad sobre la humanidad nunca será revelada, y si eso ocurre, los pods provocarán forzar el orden original. El juego se desarrolla durante unos acontecimientos concretos, unos sucesos que nunca deberían haber ocurrido y por lo general, el orden lógico de los hechos siempre debería ser luchar y morir, pues:
"todo lo que está vivo está condenado a morir"
Por lo tanto, sabiendo que YoRHa forma parte del SO de las máquinas, son ellas las que dominan, son ellas las que lo manipulan (como la contaminación del virus) además del tiempo/espacio (por lo del cráter de la ciudad) y son ellas las que tienen absoluto control de todo. Estamos totalmente fucked y no hay salvación. Happy End... Para las máquinas.
Además, el detalle del brazo (reconstruyendo a 9S), el pod de 2B y A2 con el pelo largo de nuevo me hace pensar que esto ocurre como estoy interpretando. Ah, y otra cosa que me deja bien jodido: Las putas palomas, otra vez.
Remember que las palomas son, en Drakengard 3, los apóstoles. Cuando las Intoners mueren, los apóstoles recuperan su forma original, que es el de una paloma. En el Ending E aparecen cinco, no me cuadra porque en DOD3 solo hay cuatro apóstoles (Dito, Decadus, Octa y Cent) y en NieR:Gestalt las palomas son dos, las que te abren las puertas del castillo de Shadowlord. Aquí aparecen cinco y una se para con A2. NO-ENTIENDO-ESO