Soy de los que piensan que el acceso a información de la red les ha permitido evolucionar como si fuesen humanos, de hecho entiendo que el nacimiento de Adam & Eve es un pacto múltiple y la forma de nacer Eve, otro similar al de Zero creado a partir del estudio de dicho conocimiento historico. Definir cómo o cuándo las máquinas dominan esto, creo que no lo situaremos jamás aunque nos podemos hacer una idea...
Sobre tu duda de en qué momento las máquinas toman el control, lo toman en el momento en que los aliens no le dan un objetivo real a las máquinas para eliminar, que es el único motivo por el que son programadas. Recuerda que la batalla de Emil es contra los aliens, no las máquinas (de hecho dudo que las máquinas estuviesen creadas todavía) así que estoy convencido de que Emil jamás ha tenido un solo percance con ellas y las máquinas no se muestran hostiles contra él tampoco. Además, su casa está muy bien custodiada por todo tipo de enemigos. Dicho esto, puedo llegar a interpretar, incluso, que Emil ha vivido miles de años en paz y harmonía con las máquinas, por amnesia, por parentesco físico, qué se yo pero es bastante indicativo que una máquina sea sensible a un androide y Emil recorra toda la ciudad sin que nadie salga tras él.
Dicho esto, las maquinas matan a los aliens y empiezan a buscar nuevas motivaciones, nuevos objetivos. Durante todo este tiempo su red se ha modificado y adaptando a un proceso evolutivo, gracias en gran parte a la cantidad de información humana que se recoge en la red (entiendo que aquí es donde la biblioteca tiene todo el peso), Accord recoge todo tipo de informes del espacio tiempo, así que el Cult of the Watchers debe estar ahí, sí o sí. N2, o las niñas de rojo tienen un atuendo muy parecido al de Manah (DOD1) y hablan como si estuviesen poseidas por Dios. Estoy casi seguro que el culto ha infectado la red.
Y ya terminando, sobre Devola & Popola, en su historia dicen ser copias antes de que todo petara. Ellas son una de tantas copias que vigilaban un pueblo random. No se les ve infectarse en ningún momento so no creo que sean copias de máquinas la verdad. Vamos, que estas no están metidas en la red, son Replicants originales.