La cfg te tienes que ir a opciones de windows creo que es y poner todas las carpetas visibles, luego te metes en mipc>C: o D: o...>usuarios>elnombredetusuario>appdata>locallow>id software>quakelive>home>baseq3 y ahi tienes las cfg's.
Yo te recomiendo que no te pongas ninguna cfg si acabas de empezar, porque yo tambien empece hace unas semanas, y te metes cfgs de gente buenilla y no usa los controles standar y es un puto lio. Yo lo que hice fue bindear algun arma, para poner rocket y railgun en el raton, y luego la Q la lightgun y la E la plasmagun, y luego tienes en el 3 escopeta y en el 4 granadas.
Y lo de hacer un icono en el escritorio, yo lo tengo hecho, crea un acceso directo a mozilla si navegas con el, me imagino que en chrome y explorer tambien saldra y das boton derecho>propiedades, y en destino pones: "C:\Program Files (x86)\Mozilla Firefox\firefox.exe" http://www.quakelive.com , eso en teoria te tendria que funcionar, luego pillas un icono de quake y te queda tal que asi.
http://img857.imageshack.us/i/sinttulojt.png/
( si tienes el navegador en la barra de tareas, no te deja meter 2 accesos directos del explorador en la barra, asi que, o lo dejas en el escritorio, o si lo metes en la barra de tareas tendras que sacar el acceso directo del navegador al escritorio.)
edit: lo de las webs no tengo ni idea.