Final Fantasy IX vuelve en muchos aspectos a lo visto en los antiguos capítulos de la saga, desde aspectos puramente argumentales a otros más importantes de tipo jugable. Los personajes vuelven a tener roles estrictos y con base en una clase concreta, tal como en los primeros juegos. Los 7 personajes corresponden a las míticas clases de mago blanco, invocador, paladin, mago negro, mago rojo, dragoon, ninja/monje y ladrón y, de hecho, el diseño de muchos de los personajes está directamente basado en los antiguos diseños de Amano, así como también algunas ideas argumentales como el cuerno de invocación.
El equilibrio del combate vuelve a lo visto en los Final Fantasy más clásicos, y ahora también podremos llevar cuatro personajes. El equipamiento y los objetos también están basados en los antiguos, por ejemplo otra vez cambia el efecto de los remedios entre batalla y menú.
El juego también incorpora numerosos homenajes argumentales, así pues muchas escenas y búsquedas están directamente basadas en los juegos anteriores:
Los volcanes Gurgu de Final Fantasy I y Gulguc de Final Fantasy IX tienen nombres y piezas musicales muy similares
Hay enanos nuevamente, aunque esta vez no vivieran bajo tierra. Su saludo es el mismo.
Toda la ambientación y usos de los barcos voladores. El Invencible recuerda al barco definitivo de FFIII.
Los músicos del prima vista tocan el Rufus Welcoming de FFVII para animar al personal tras el accidente.
El planeta Terra es el nombre de la protagonista de FFVI.
Los chocobos de colores han sido sacados de FFIII y FFV.
EL traje de Garnet al escapar del castillo es el de las magas blancas de los FFIII y FFI
Los cuatro Caos (Lich, Malilith, Kraken y Tiamant) son los protectores de los cristales en FFI. También luchas contra ellos al final del juego.
Con el primer equipo que juegas (Garnet, Vivi, Steiner y Yitan), sus profesiones son las que aparecen a elegir en el FFI.
Usando dos objetos obtenidos en la subasta de Treno, en el pueblo de los magos negros se toca una melodía, que es conocida en el momento que entras a la mansión de Doga en FFIII.
El Pandemónium de Terra es muy similar al de Final Fantasy II, además de la música que ambienta esa parte del juego.
La búsqueda de los cuatro templos y los cuatro guardianes elementales están extraídos directamente del argumento de FFV.
La relación entre Eiko y Garnet está basada en la de Lenna y Faris en FFV.
La mazmorra en la que las armas más débiles hacen más daño esta inevitablemente basada en la del elfo oscuro de FFIV.
El final del juego es también un homenaje a los clásicos. La voz en off explicando lo pasado está basada en FFV, mientras que la coronación y la reunión de amigos en el de FFIV.
Los cristales vuelven a aparecer, aunque esta vez en forma de fragmentos que llevan algunos personajes. Además el mundo cristalino como origen de los recuerdos y la vida es un homenaje claro al papel de los cristales en las cinco primeras entregas.
La subasta está basada en la vista en FFVI.
La mazmorra final del juego es una mezcla entre lo visto en FFIV y FFV. La idea de pasar por todas las localizaciones del juego así como los símbolos transportadores vienen de FFV. Por el contrario el mundo cristalino recuerda ampliamente a la última fase de cristal en FFIV (aunque en FFV también existiera algo parecido donde salen enemigos que solo dan pH).
El enemigo final del juego que te encuentras en la última mazmorra tiene el mismo discurso que el de Zeromus en FFIV tras ser derrotado.
La idea del segundo mundo y de los extraterrestres aguardando es una extensión y refinación de la mitología de FFIV.
El juego incorpora numerosos guiños de nombres y personajes. Así vuelve a salir la pricesa Hilda de FFII, también Garland de FFI, los 4 elementales de FFI, muchos enemigos y objetos, cartas, magias, equipo, los mogs, invocaciones, etc.
En una de las armerías si se dialoga con una espada de grandes dimensiones Yitan hace referencia a Cloud diciendo que esa espada le recordaba a un personaje rubio con pelo puntiagudo.
El villano resulta ser el hermano del protagonista como en FF IV.
Cuando vas en busca de Lamú con Garnet, y tienes que juntar y ordenar la historia de un héroe llamado Josef que dejó huérfana a su hija y se sacrificó por sus compañeros, hace una obvia referencia a la historia del FF II, cuando Josef, un personaje secundario, se sacrifica para salvar a los protagonistas.
Una de las frases de yitan "Ninguna nube o tempestad nos detendrá" ("No cloud, nor squall shall hinder us") hace una clara referencia a sus antecesores de las dos últimas entregas FFVII y FFVIII
En el castillo de Kuja hay tres estatuas que son un guiño al Triple Triad de FF VI.
En uno de los pueblos, hay un hombre llamado Locke.
Los 9 soldados pluto son un guiño a los protagonistas varones de los Final Fantasy que había hasta el momento.
La "novia" del soldado pluto que hace referencia a Cloud, cita a Aerith de FFVII ("Él no es precisamente el señor personalidad").
El moggle que acompaña a Eiko se llama Mog, como el moggle jugable de FFVI. La diferencia es que este moggle es hembra y el de FFVI es macho.
Gilgamesh, de FFV, es referenciado dos veces: Él nombre de Jack Cuatro brazos es Gilgamesh, y al obtener la Excalibur 2 hay una nota del asistente de Gilgamesh, también mencionando la espada 'Escalipoor'.
En Daguerreo, el viejo que cambia el "Dedo Mágico" por la Excalibur habla de Gogo un personaje de FFVI.
Las dos naves la Hildagarde 3 y El Invencible tienen un sistema de Piloto Automático igual al de la nave Lagunamov de FFVIII.