Tengo dos teorías respecto al final:
1. Faith "Little Mermaid"
Se basa básicamente en que la Nerissa que aparece al final no es Nerissa, sino Faith. Las pruebas a las que me remito es, no sólo a la coincidencia de las frases finales, sino a las fotos que vemos en la fábrica donde podemos observar una foto en la que Nerissa y Faith discuten. Pudiera ser que en algún momento Nerissa fuera con la identidad de Faith (glamour), o quizá Faith manipulara a Nerissa para el cambio de identidad, después Faith usando sus poderes para ser Nerissa, vende a sus compañeras para intentar librarse del yugo de Crooked man (su plan siempre fue escapar) pero Nerissa, disfrazada como Faith, es asesinada. Por tanto se dedica a implicar a Bigby para resolver todo ello de la forma que vemos y que ella, al final, se marche, libre de marido y Crookedman
Acabo de recordar además, que cuando le pides al espejo que te muestre a Faith dice "Through powerful magic her wherabouts concealed. Unfortunately these lips are sealed"
Quizá ello impliqua, al menos en ese instante, que Faith no está muerta y que el hechizo de los lazos todavía está sobre ella.
2. Nerissa la justiciera.
Esta teoría se basa en que en el episodio 1, en la primera escena con Woody, no conocemos a Faith, sino a Nerissa (glamour), por eso ella dice constantemente no acordarse de nada al señor Woody. Indudablemente se apoya en la iteración de frases al final del juego. Pudiera ser que ella agravase toda la situación para implicar a Bigby. Esto implica que al final Nerissa es Nerissa y Faith está muerta.
Se me ocurre alguna teoría más pero bueno. Hay algunas discusiones circulando por Steam Community.