Primero decirte que qué suerte tienes de no haberlos leído todavía, porque son dos obras maestras brutales. Así que puedes empezar por cualquiera que no te decepcionarán. Yo también soy muy fan del cine del Abuelo Jodorowsky (más de algunas que de otras, viste el documental de Dune? Es una de las mejores pelis de 2014!). Igualmente empieza por el estilo que más te guste.
Si prefieres las space opera y las sagas estilo Juego de Tronos los Metabarones es lo tuyo, piensa que surgió del fracaso de Dune y reaprovechó cosas del proyecto y ya se quedó en el cómic for our reading pleasure, como dicen los cursis. Además trabaja con Giménez, que es otro kraken.
Si prefieres temas más psicodélicos, El Topo, el western espacial y la mandanga hard, con ilustración más limpia y menos barroca que Metabarones, El Incal es tu libro. A mí personalmente me gusta más El Incal porque soy muy fan de Moebius, en mi opinión uno de los mejores creadores de cómic del siglo XX y también colaborador del Abuelo en Dune. Pero las dos obras son maestras.
Si te gusta la droja dura tipo La montaña sagrada, hasta te diría que vayas a por El Lama Blanco, de lo último que ha sacado y otra movida mental buena. A disfrutar!!