Así que no solo hay genes dormidos que perduraron millones de años, sino que también activos.
Ahí reside la trampa y el error de toda tu argumentación inicial, si el gen está activo, es útil, por lo tanto está bajo presión selectiva y por lo tanto se conserva, no es un "gen dormido" que se pueda despertar, sino que ya está despierto y el animal hace uso de él.
El 100% del genoma de un ave es de dinosaurio. Porque las aves son dinosaurios.
Pertenecen al mismo gran grupo taxonómico, pero no es lo que la gente entiendo por "dinosaurio" si hacemos esa trampa dialéctica entonces no hace falta activarles nada.
Y a parte de eso hay especies que conservan su adn casi intacto desde hace millones de años, como los cocodrilos, tiburones y muchas especies vegetales.
Eso es rotundamente falso, que hace millones de años existieran animales parecidos poco o nada tiene que ver con que su DNA sea el mismo, es el falso mito de los "fósiles vivientes". Estos animales actuales llevan a sus espaldas los mismos años de evolución que el ser humano, y para inferir cual es el estado ancestral debe hacerse un estudio filogenético, no asumir que porque lo posea un cocodrilo es ancestral.
Por otro lado el adn no se renueva completamente cada x tiempo, sino que muta algunas partes.
La acumulación de mutaciones es aleatoria como efecto de factores ambientales y la errónea replicación de la DNA-polimerasa cuyo ratio de error es ampliamente conocido. Hay zonas del genoma más susceptibles a acumular mutaciones, pero es por simple química de las moléculas, no por ningún hecho evolutivo. Que una mutación una vez surgida pasa a formar parte de la especie depende de una combinación de factores aleatorios y presión selectiva.
Muchos genes se conservan e incluso hay algunos que se conservan desde que los primeros animales poblaron la superficie terreste.
Los genes más altamente conservados en organismos superiores son los ribosómicos, e incluso estos presentan suficiente variabilidad como para poderlos utilizar en estudios filogenéticos, es decir, tienen suficientes diferencias entre ellos como para permitir sólo con ellos diferenciar especies.
Como la capacidad de absorver energía del oxígeno o algunas zonas del cerebro
La "capacidad de absorber energía del oxígeno" no la proporciona ningún gen, lo hace un orgánulo entero denominado cloroplasto que posee su propio DNA ajeno al del núcleo celular, compuestos por un gran número de genes y de evolución independiente.
Que una parte de nuestro cerebro derive de uno ancestral no quiere decir que tenga que estar altamente conservado, ha podido acumular tantas o más mutaciones que órganos de nueva creación.
Es literalmente imposible que hayan genes "dormidos", es decir sin ninguna utilidad actual, esperando a ser activados desde la época de los dinosaurios, eso supondría un hecho sin precedentes que desmonataría toda la teoría evolutiva actual, porque implicaría que existe una fuerza hasta ahora desconocida que mantiene partes del genoma no útiles de forma permanente.